Деятельность Международного казахско-турецкого университета осуществляется  в соответствии с Уставом Университета и в рамках ратифицированного соглашения между Правительством Республики Казахстан и Правительством Турецкой Республики об условиях деятельности университета. Органами управления Университетом являются:

• Межправительственный Полномочный Совет
• Сенат
• Управленческий Совет
• Академический Комитет
• Научный Комитет
• Комитет стратегического планирования и качества
• Комитет по воспитательным вопросам

Высшим органом управления Университетом является Межправительственный Полномочный Совет. В компетенции совета входит: утверждение стратегии развития, устава Университета, порядка распоряжения имуществом; утверждение годовых и среднесрочных бюджетов; определение количественного состава Университета, избрание их руководителей и членов, а также досрочное прекращение их полномочий; иные полномочия в соответствии с уставом Университета.

Президент университета возглавляет Сенат и Управляющий совет, который служит в качестве коллегиального исполнительного органа университета, контролирует и направляет деятельность университета, обеспечивает исполнение решений Полномочного совета университета.

Вице-президент по учебно-академическим вопросам возглавляет Академический Комитет который представляет собой высший управляющий орган, принимающий решение по академическим вопросам университета.

Академический Комитет  является основным органом формирования  академической политики  университета, играет ведущую роль в создании и принятии правил, процедур, регулирующие академические стандарты, практики и дисциплины по направлениям деятельности университета, осуществляет контроль над обеспечением и повышением качества преподавания и обучения, утверждает образовательные программы и курирует развитие факультетов и школ.

Вице-президент по научно-исследовательской работе возглавляет Научный Комитет, который представляет собой высший управляющий орган, принимающий решение по научным вопросам.

Научный Комитет  является основным органом формирования научной и исследовательской политики  университета: разрабатывает стандарты  проведения и академической этики исследований, организация работы по управлению, мониторингу и оценке научно-исследовательских проектов, создание и управление инновационной инфраструктурой университета, осуществляет работу по коммерциализации технологий, Создание и оказание поддержки Start-up компаниям, Бизнес-инкубаторам, акселерационным программам, ориентированным на поддержку исследований молодых ученых а также координирует деятельность исследований, инноваций и развития между Научными центрами и факультетами, школами.

Вице-президент по академическим инновациям и послевузовскому образованию возглавляет  Комитет по стратегическому планированию и качеству, который представляет собой высший управляющий орган, принимающий решение по разработке стратегии и повышению качества образования.

Комитет по стратегическому планированию и качеству является основным органом формирования политики по системе менеджмента качества, стратегическому развитию и рейтинга университета.

Руководитель программы «Духовное обновление» возглавляет  Комитет по воспитательной работе, который представляет собой высший управляющий орган, принимающий решение по разработке воспитательной политике и работы с молодежью университета.