В университете функционирует 6 научно-исследовательских институтов, которые проводят новые исследования в области экологии, тюркологии, археологии, религии, естественных наук, медицины, политики и экономики. Институты занимаются исследованиями, которые способствуют развитию интеллектуального и инновационного потенциала региона на основе тесной интеграции науки и производства. Департамент коммерциализации науки контролирует внутреннюю координацию институтов.
Основные направления научно-исследовательской работы: «На основе переработки отходов природных и техногенных создание минералов создание биотехнологических и других природоохранных технологий в целях сохранности и экономии природных ресурсов».
Иститут открыт решением Сената№4 университета Ахмеда Ясави (23.06.2000) на основе приказа №1/661 от 18.12.2000). Основное направление научно-исследовательской работы: комплексное исследование актуальных проблем тюркологии
Основное направление научно-исследовательской работы: Исследование возникшей в просторах Евразии и внесшей огромный вклад в развитие мировой цивилизации тысячелетней истории тюркской цивилизации. Изучение происхождения тюркской цивилизации, периодов и процессов ее формирования, раскрытие единства истории, культуры тюркских народов.
Научно исследовательский институт Естествознания был создан решением № 48 (24.04.2014) Полномочного совета университета имени А.Ясави. Основные направления работ научно-исследовательского института –проведение инновационных научно-исследовательских работ по фундаментальным и прикладным вопросам естествознания.
Основное направление научно-исследовательской работы: — комплексное исследование актуальных проблем в области мировой науки.
Основной целью Научно-исследовательского центра: проведение многовекторных, многослойных научно-исследовательских работ над фундаментальными научными проектами в сфере религиозных наук в соответствии со светскими принципами.