Қожа Ахмет Яссауи атындағы халықаралық Қазақ-Түрік университеті 1991 жылы ашылғылы, Медицина факультетінің алғашқы деканы профессор Е.Бекмуратовтың бастауымен Түркістан және Кентау қалаларында, негізі қаланып, білім алушыларды оқыта бастады.
1995 жылы 5 курстан бастап медицина факультетінің білім алушылары Шымкент қаласындағы медициналық-санитарлық «Фосфор» бірлестігінің базасына көшіріліп, білім алуын жалғастыра бастады.
1996 жылы 19 мамыр айында Университеттің Үкіметаралық Өкілетті кеңесінің 5-ші мәжіліс шешімімен Шымкент қаласындағы «Қоғамдық және Жаратылыс ғылымдары институтын» құру ұсынысы қабылданды.
1997-2003 жылдар аралығында медицина факультетінің декан қызметін, медициналық-санитарлық «Фосфор» бірлестігінің клиника директоры профессор И.О.Байдаулетов атқарды.
2003 жылы 10 қаңтар айында Қазақстан-Түркия республикаларының Университеттің Үкіметаралық Өкілетті кеңесінің 18-ші жиналысының шешімімен Шымкент бөлімшесі «А.Ясауи атындағы Халықаралық Қазақ-Түрік университетінің Шымкент филиалы» болып өзгертілді.
2003 жылы 25 шілде айында университеттің Үкіметаралық Өкілетті Кеңес Басқармасының 20-шы мәжіліс шешімімен «А.Ясауи атындағы Халықаралық Қазақ-Түрік университетінің Шымкент институты» болып қайта қалыптастырылды.
2003-2008 жылдар аралығында медицина факультетінің декан қызметін медицина ғылымдарының докторы, профессор Н.К.Тузелбаев атқарды.
2008-2009 жылдар аралығында медицина факультетінің декан қызметін медицина ғылымдарының докторы, профессор А.З.Сатханбаев атқарды.
2009 жылы 28 тамыз айында №7 Сенат мәжілісінің шешімімен университеттің «Оқу-клиникалық базасы» болып өзгерді.
2009-2017 жылдар аралығында Оқу-клиникалық базасының директоры қызметін медицина ғылымдарының докторы, профессор Р.С.Бектурганов атқарды.
2014 жылы 12 қыркүйек айында Сенат мәжілісінің 3.7 шешіміне сәйкес, Оқу-клиникалық базасы, «А.Ясауи атындағы Халықаралық Қазақ-Түрік университетінің Шымкент медицина институты» болып өзгертілді.
2017-2018 жылдар аралығында Шымкент медицина институтының директоры қызметін медицина ғылымдарының докторы, профессор У.А.Жумабаев атқарды.
2021 жылы 22 маусым айындағы кезектен тыс Сенат мәжілісінің №9 хаттамасына сәйкес 2021 жылдың 01 қыркүйегінен бастап Шымкент медицина институты, «А.Ясауи атындағы Халықаралық Қазақ-Түрік университетінің Шымент кампусы» болып өзгертілді.
2021-2022 жылдар аралығында Шымкент кампусының директор қызметін РһD Н.С.Жанабаев атқарды.
2022 жылдан бастап Шымкент кампусының директоры қызметін РһD Т.Ануарбек атқаруда.