Түркология ғылыми-зерттеу институтының зерттеу алаңдары түркі халықтарының тілі мен әдебиетін, тарихы мен мәдениетін, археологиялық және жазба мұраларын, этнографиясы мен фольклорын кешенді түрде зерттеуге бағытталған. Институт ғылыми қызметінде түркология, филология, тарих, археология және мәдениеттану салаларын өзара сабақтастықта қарастырып, түркі өркениетінің тарихи және рухани мұрасын ғылыми тұрғыдан зерделеуді басты назарға алады.
Институт аясында түркі тілдерінің қалыптасуы мен дамуы, әдеби мұралар мен фольклорлық шығармалар, көне және ортағасырлық түркі жазба ескерткіштері, тарихи-мәдени байланыстар, этнографиялық құндылықтар мен діни-рухани дүниетаным мәселелері зерттеледі. Сонымен қатар археологиялық қазба және пәнаралық зерттеулер негізінде ежелгі қалалар, материалдық мәдениет ескерткіштері, көне қолжазбалар мен сирек қорлар ғылыми айналымға енгізіліп келеді.
Институттың ғылыми-зерттеу жұмыстары халықаралық ғылыми ынтымақтастықты дамытуға, түркология ғылымының теориялық-әдіснамалық негіздерін жетілдіруге және түркі халықтарының ортақ мәдени мұрасын сақтап, насихаттауға бағытталған. Осы мақсатта халықаралық конгрестер, ғылыми конференциялар, семинарлар ұйымдастырылып, отандық және шетелдік ғалымдармен бірлескен зерттеулер жүзеге асырылады.