С момента открытия 1991 года при Международного Казахско-Турецкого университета им.Ходжи Ахмеда Яссауи, Медицинский факультет основан в городах Туркестан и Кентау под руководством первого декана профессора Е. Бекмуратовым.
В 1995 году обучающиеся медицинского факультета, начали обучение с 5 курса на базе медико-санитарного объединения «Фосфор» распологающися в городе Шымкент
19 мая 1996 года решением 5-го Мажилиса межправительственного полномочного совета университета было принято предложение о создании "Института общественных и естественных наук" в городе Шымкент
С 1997 по 2003 года должностью декана медицинского факультета, возглавил директор клиники медико-санитарного объединения «Фосфор» профессор И. О. Байдаулетов.
10 января 2003 года решением 18-го собрания межправительственного полномочного совета университета казахстанско-турецких республик Шымкентское отделение было переименовано в «Шымкентский филиал Международного казахско-турецкого университета имени А. Ясави».
25 июля 2003 года решением 20-го Мажилиса правления межправительственного полномочного совета университета Шымкентское отделение преобразовано в «Шымкентский инстит Международного казахско-турецкого университета имени А. Ясави».
С 2003 по 2008 годы деканом медицинского факультета был доктор медицинских наук, профессор Н.К.Тузелбаев.
С 2008 по 2009 годы деканом медицинского факультета был доктор медицинских наук, профессор Сатханбаев А. З.
28 августа 2009 года решением Мажилиса Сената №7 был переименован в «Шымкентская учебно-клиническая база Международного казахско-турецкого университета имени А. Ясави».
С 2009 по 2017 годы директором учебно-клинической базы был доктор медицинских наук, профессор Р. С. Бектурганов.
12 сентября 2014 года в соответствии с решением Мажилиса Сената 3.7, учебно-клиническая база была переименована в «Шымкентский медицинский институт Международного казахско-турецкого университета имени А. Ясави».
С 2017 по 2018 годы директором Шымкентского медицинского института был доктор медицинских наук, профессор У. А. Жумабаев.
В соответствии с протоколом №9 внеочередного заседания Сената от 22 июня 2021 года с 01 сентября 2021 года решено вновь переименовать в «Шымкентский кампус Международного казахско-турецкого университета имени А. Ясави».
С 2021 по 2022 годы директором Шымкентского кампуса был Н.Жанабаев
С 2022 года директором Шымкентского кампуса является РһD Т. Ануарбек.