Mütevelli Heyet Başkanlığı, ortak kurum, ortak yönetim prensiplerine rehber olan, üniversiteyi yönetmede üniversite yönetimi, mali ve akademisyenlik metotlar ile temelleri belirtmeye sahip olan üniversitenin kanuni sahsi mertebesine vekillik eden en yüksek kara verici makamdır.
Mütevelli Heyet Başkanlığı 10 üyeden oluşur. Mütevelli Heyet Başkanlığı’nın 5 üyesi Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti tarafından yüksek görevli devlet memurları arasından atanır. Bu üyelerden biri Türkiye Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı tarafından Mütevelli Heyet Başkanı olarak atanır.
Mütevelli Heyet Başkanı’nın vekili (yardımcısı) ve 4 üyesi Kazakistan Cumhuriyeti Hükümeti tarafından yüksek görevli devlet memurları arasından kullanımdaki kanuna göre atanır.
Üniversite Rektörü, Mütevelli Heyet Başkanlığı üyesidir.
Mütevelli Heyet Başkanlığı üyelerinin çalışma süresi, 5 yıldır. Mütevelli Heyet Başkanlığı üyeliği boş kaldığı takdirde yukaırdaki dizene göre üye atanacaktır. Temel devlet memurluğu korunarak Mütevelli Heyet Başkanlığı’na atanan Başkan ve üyeleri, temel devlet memurluğundan gittiği takdirde Mütevelli Heyet Başkanlığı üyeliği de biter.
Üniversite rektörünün üyeliği görev süresine göre sınırlıdır.
Mütevelli Heyet Başkanlığı meclisi yılda en az 2 defa yapılır. Meclis yeri, zamanı ve meseleler üniversite rektörü ile Mütevelli Heyet Başkanlığı üyeleri tavsiyeleri dikkate alınarak Mütevelli Heyet Başkanı tarafından belirlenecektir. Meclis toplantısı en az 7 üye katıldığında geçerli sayılır. Her üye fikrini “karşıyım” veya “karşı değilim” diye bildirir. Oylar denk olduğu halde Mütevelli Heyet Başkanı’nın oyu 2 oy sayılır.