Целью института является показать периоды формирования и развития Тюркской цивилизации и целостность истории  тюркских  народов  посредством проведение исследовании на археологических памятниках Южного Казахстана.

Задачи: Институт проводит широкомасштабные археологические исследования на территории Южного Казахстана с целью определения видов и числа историко-культурных памятников и состояния их сохранности; введение в научный оборот данных о новых памятниках; проведение археологических раскопок на средневековых городищах, с целью определения периодов формирования, развития и упадка; определения взаимосвязи и исторической преемственности древних и средневековых памятников.